С 19 июня 2010 года согласно решению Амурского бассейнового водного управления (АБВУ) Зейская ГЭС обеспечивает пропуск паводка в среднесуточных объёмах 2000±150 м3/с через гидроагрегаты и водосливную часть плотины. Такой расход преследует цель приведения уровня водохранилища к графику Правил использования водных ресурсов (ПИВР). Холостые сбросы в объёмах 1000 м3/с являются одной из мер по снижению уровня водохранилища: так, 26 мая уровень Зейского водохранилища составлял 313, 25 м и превышал график ПИВР на 2,18 м, а 21 июня при уровне 313,27 м превышение над графиком сократилось до 1,20 м.

Увеличение выработки электроэнергии также является мерой по приведению уровня водохранилища к требованиям ПИВР. С начала лета станция в среднем вырабатывает за сутки 17,58 млн кВт•ч электроэнергии, перевыполнение плана ФСТ  в  июне составляет 22%.

Холостые сбросы, начатые на Зейской ГЭС 29 мая, были приостановлены с 16 по 18 июня в связи с плановым ремонтом гидроагрегата №4 и необходимостью проведения водолазных работ в верхнем и нижнем бьефах гидроузла. В это время был проведён осмотр подпорной и водораздельной стенок плотины водолазами, а также было проведено обследование подводной части данных ГТС с использованием метода гидроакустической эхо-локации. На основании полученных данных будут разработаны  технические рекомендации для сохранения эксплуатационных характеристик ГТС в условиях пропуска паводков.

Среднемесячный приток воды в Зейское водохранилище в июне наблюдается в пределах нормы – 1400-1800 м3/с.

Уровень нижнего бьефа на 21 июня составляет 223,66 м. С начала маневрирования затворами в процессе пропуска весенне-летнего паводка – 29 мая 2010 года -  уровень воды в реке повысился на 1,05 м. В соответствии с соглашением о взаимодействии в период пропуска паводка через гидротехнические сооружения между руководством Зейской ГЭС, администрацией г.Зеи, службами гражданской защиты и пожарной безопасности г.Зеи жители города и района постоянно информируются о динамике прохождения паводка. Опасности для жителей прибрежных территорий и хозяйственных объектов, расположенных ниже гидроузла, нет.