Наименование „Крымский научно-исследовательский центр” организация получила только в 2007 году. Изначально на основании постановления Совнаркома СССР от 1 февраля 1931 года и Совнаркома Крымской АССР от 21 августа 1931 года была организована Крымская опытно-мелиоративная станция (КОМС). В период создания станции в ее систему входили Альминский, Керченский, Сакский, Ялтинский опытно-мелиоративные участки и Желябовское опытно-мелиоративное поле. Изначально станция подчинялась Крымводхозу и находилась в Симферополе. В дальнейшем подчиненность изменялась: ВНИИГиМ ВАСХНИЛ, УкрНИИГиМ Министерства мелиорации и водного хозяйства УССР (переименованного ныне в ИГиМ НААН). 
В период немецко-фашистской оккупации Крымская станция находилась в эвакуации. Частично были сохранены документы научного характера за довоенный период. К ним относятся отчеты:  «Потери воды из  каналов  рек  Качи  и  Альмы  в 1935 году»; про научно-исследовательские работы Альминского опытно-мелиоративного участка за 1937 год (в нем освещены следующие вопросы: метеорологическая характеристика; анализ почвогрунтов новых участков; результаты гидромодульных исследований при дождевании и наземном орошении; исследования содержания нитратного азота в почве и т.д.). А также: «Орошение картофеля и овощей» (1939 г.); про работу КОМС по созданию благоприятных условий для грибка «Бортритис Цинереа» на винограднике дождеванием. В 1941 году был подготовлен первый том сборника «Работы Крымской опытно-мелиоративной станции», второй том предполагалось выпустить в конце 1941 года...  
После войны станция снова начала свою работу в Симферополе, продолжая исследовать вопросы эффективности использования водных ресурсов, каналов и других гидротехнических сооружений.

6   февраля     1973     года     был     создан     Крымский     комплексный     отдел,  расположенный    в     г. Симферополе, с непосредственным подчинением Украинскому научно-исследовательскому институту гидротехники и мелиорации (большая часть полевых исследований продолжала выполняться на базе опытно-мелиоративной станции в с. Желябовка), приказом от 9 апреля 1976 года с целью дальнейшего улучшения организации научно-исследовательских работ в Крымской области объединили коллективы научных работников Крымской опытно-мелиоративной станции и Крымского комплексного отдела.
В  марте  1980 года  на базе  Крымского  комплексного отдела был организован Крымский филиал УкрНИИГиМ с опытно-производственным хозяйством в селе Желябовка Нижнегорского района.
17  января  2007   года   приказом  № 3а-П  ИГиМ  УААН  филиал  переименован  в  Крымский научно-исследовательский центр.        
В    разные    годы   в   коллективе    Центра    работали    известные    ученые:  почвоведы   -  к.с.-х.   наук  И.К.  Супряга,  к.т.н. А.Б.  Липатов;    садоводы    -   доктор    с.-х.  наук   Д.П. Сёмаш, доктор т.н. В.П. Остапчик, к.с.-х. наук  И.Н. Панасенко; гидротехники   -   доктор   с.-х.   наук    Н.С.  Горюнов,   к.с.-х.  наук   П.В.  Тищенко,   к.т.н. И.А.  Сокирко,  Г.И. Карпий  и  А.Г. Шлаен.    


Директор КНИЦ, кандидат технических наук – Ляшевский Валерий Иванович.