Задачи, поставленные перед институтом

Разработка водосберегающей техники и технологии во всех отраслях народного хозяйства и спасение Аральского моря в связи  с катастрофическим изменением параметров Аральского моря и ухудшением природных условий Приаралья, а также нарастанием дефицита водных ресурсов и ухудшение их качества.
В декабре 1992 по решению МКВК на НПО САНИИРИ как научно-информационный центр МКВК возложены задачи по решению  следующих вопросов:
• определение единой водохозяйственной политики;
• координация работ по выработке единой научно – технической программы водосбережения;
• разработка и осуществление системы мер по совершенствованию измерения и учета воды и созданию в этих целях высокоэффективных технических средств;
• научная и методическая подготовка создания и развития автоматизированных систем управления бассейновыми водохозяйственными объединениями «Сырдарья» и «Амударья»;
• разработка Методик по экономической, водохозяйственной и водоохранным мероприятиям;
• создание единой информационной базы по использованию водоземельных ресурсов и их мониторинга;
• изучение и прогнозирование русловых процессов и разработки берегозащитных мероприятий;
• разработка научно обоснованных мероприятий по сохранению и воспроизводству природных ресурсов бассейнов рек  «Сырдарьи» и «Амударьи» и других задач регионального значения.

Формирование структурных подразделений

В 1991  НПО САНИИРИ переходит в состав ММиВХ УзССР. Сокращение бюджета НПО  постепенно привело  к  сокращению количества подразделений  в1995 г. до 30, а к 2000 г. до 20.
В 1992 году создается Межгосударственная координационная водохозяйственная комиссия Центральной Азии, решением которой САНИИРИ определен Научно - Информационным центром по водохозяйственным проблемам  (НИЦ МКВК).
В 1996 г. по решению МКВК НИЦ МКВК выделяется из состава НПО САНИИРИ и становится самостоятельной организацией.

Основные результаты исследований и их внедрение

Осуществляется широкомасштабное внедрение техники и технологий поверхностных поливов -  более 20 конструкций поливных устройств. Одновременно внедрены в производство различные конструкции водомерных устройств в виде расходомеров, стокомеров конструкции ГСКБ по ирригации и экспериментальной мастерской Инженерного центра, стокомеров для учета воды скважин вертикального дренажа. Охват внедрения новых поливных устройств достиг к 1995 годам – 120 тыс.га.
ГСКБ по ирригации совместно с САНИИРИ разработал новые конструкции щелевых дреноукладчиков, планировочные машины, рыхлители, мобильные насосные агрегаты, выпуск которых организован на заводах НПО.
С начала девяностых годов ведётся  разработка систем капельного орошения (конструкции и методы расчета всех элементов этой системы прошли испытания на опытных участках и системах в различных природных условиях). Институтом разработаны различные конструкции подпочвенного орошения.  Совместно с израильскими партнёрами создано Совместное предприятие «САНИИПЛАСТ» по капельному орошению, которое функционирует по настоящее время.
С 1995 г. институт участвует в выполнении проблем, поставленных Главами Государств ЦАР. Сотрудники института совместно с экспертами Мирового банка развития и реконструкции (МБРР) участвует в разработках технических заданий по семи проектам ПБАМ, которые подразделяются на 19 конкретных подпроектов с технико – экономическими обоснованиями. Институт участвует в разработке водосберегающей техники и технологии, рекомендаций по режиму орошению, минеральному питанию и технологиям выращивания хлопчатника и многолетних культур. Подготовлено районирование территории республики по применению указанных типов техники и технологии полива. Внедрены рекомендации по  использованию коллекторно – дренажных вод в 5 областях (в Ташкентской, Сырдарьинской, Джизакской, Ферганской и Бухарской) Узбекистана и Южном Казахстане. Разработан комплекс агромелиоративных мероприятий  по ускорению рассоления почв при промывке земель путем применения глубокой вспашки, химмелиорантов в виде лигнина. В 1996 году институт участвует в выполнении проектов, финансируемых МБРР, АБРР. С созданием НПО увеличилось количество авторских свидетельств на изобретения и рационализацию.